К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла». Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет. Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…
Расщепление урана в земных недрах вызвало неуправляемую цепную реакцию в теле Годзиллы, превращая его в ядерную бомбу замедленного действия, готовую взорваться в любую минуту. В это время в одной из лабораторий Токио ученые создают препарат, неверное применение которого приводит к созданию супермонстра Разрушителя, уничтожающего все на своём пути. Единственный шанс человечества на выживание — что в чудовищной схватке титанов не будет победителя.
Отчаявшись справиться с Годзиллой обычными способами, японские учёные и инженеры создают Мехагодзиллу — боевой роботизированный аналог гигантского ящера. В это же время на одном из островов находят странное яйцо, которое охраняет Родан, доисторический птеранодон. Используя яйцо как приманку для Годзиллы, японцы надеются заманить его на пустынный остров, где Мехагодзилла смог бы его уничтожить....
Планета Земля решает отомстить людям за неправильное отношение к природе и насылает на них злобного монстра Баттру. Единственное спасение от него — гигантская бабочка Мотра, но она давно спит, и её нужно разбудить. К тому же есть ещё и Годзилла, и никто не знает, чью сторону он примет в этой битве.