Воины-ниндзя становятся свидетелями того, как огненный шар падает с неба недалеко от их деревни. Вскоре они находят пришельцев, которые нападают на них. Выжившие клянутся отомстить, но позже выясняется, что их оружие бесполезно.
Группа жителей Токио, состоящая из семи человек, отправляется на яхт-прогулку, подальше от городских проблем. Но погода неожиданно портится, начинается шторм. После шторма выясняется, что мачты поломаны, мотор не работает, рация молчит. Вскоре дрейфующая яхта достигает, на первый взгляд, необитаемого острова. Там-то и развернутся основные приключения наших героев.
К 1999 году все гигантские земные монстры (в том числе и Годзилла) оказались пойманы и отправлены на небольшой японский островок для заточения и изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и вновь направить против человечества. Команде астронавтов поручено в срочном порядке найти и ликвидировать базу злобных пришельцев, пока контролируемые ими монстры не сравняли с землёй все города планеты.
Действие происходит в вымышленном мире, где люди сосуществуют с динозаврами и прочими ужасными тварями. Пещерное племя приносит в жертву тираннозавру молодых девушек, пока одну из девушек не спасает влюблённый в неё дикарь. С тех пор парочка сбегает, а племя преследует их, беспощадно уничтожая всех и всё на своем пути ради мести, провоцируя преследуемых на ответные действия. И все это среди дикой первобытной флоры и фауны, где главные герои, вместе с их преследователями, ведут жестокую борьбу за выживание.
Трое тинейджеров отправляются на лодке в море, чтобы найти пропавшего рыбака, но попадают в шторм и оказываются на острове, который служит базой для террористической организации «Красный Бамбук». Помимо этого в прибрежных водах острова обитает и гигантский краб Эбира. Победить всех врагов может только Годзилла, который по счастливой случайности тоже оказывается неподалёку.
Во время второй мировой из английской лаборатории похищается и увозится в Японию сердце старого франкенштейновского монстра. Во время атомной бомбёжки Хиросимы сердце подвергается воздействию радиации, оживает, начинает расти и постепенно трансформируется в отвратительное человекообразное существо, которое начинает сеять вокруг смерть и разрушение. Тем временем появляются новые разрушения, источник которых скрывается под землёй. Виной им гигантский подземный доисторический ящер Барагон. И вот в один прекрасный момент Чудовище Франкинштейна и древний динозавр Барагон сталкиваются лицом к лицу...
На Землю прибывает кровожадный монстр - Кинг Гидора, который несколько тысяч лет назад унитожил всю цивилизацию Марса. Теперь его цель - Земля. Мотра пытается уговорить Годзиллу и Родона прекратить драться друг с другом, и объединить усилилия в борьбе с космическим монстром. В конце концов ей это удается и три монстра, Годзилла, Родон и Мотра, прогоняют Кинг Гидору с планеты. Но он еще вернется...
В Японии в районе реки Китаками пропадает группа учёных. Группа военных, отправившаяся на их поиски обнаруживает небольшую деревушку, жители которой поклоняются гигантскому динозавроподобному ящеру Варану. Ящер пробуждается и начинает наводить ужас на людей…
К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла». Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет. Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…
Чтобы защитить страну от Годзиллы, если она вдруг опять нападет на Японию, ученые сконструировали Механическую Годзиллу — гигантского управляемого робота, наделенного всеми функциями, имеющимися у живого монстра. В процессе создания робота были использованы полностью органические ткани организма монстра, выращенные искусственным образом из молекул ДНК Годзиллы, которые были сохранены с 1954 года, со времени первого нападения чудовища на Японию. Настоящий монстр Годзилла, конечно, просыпается и идет крушить японцев. Те выставляют на бой Меха-Годзиллу.
В последние дни Второй мировой войны камикадзе Коити Сикисима посадил самолёт на острове Одо, где располагалась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на них напал непонятно откуда взявшийся огромный ящер Годзилла — именно так называли его местные. Коити возвращается в разрушенный бомбардировками Токио (родители погибли, от дома остались одни обломки) и пытается жить дальше. К нему прибивается тоже потерявшая семью девушка с младенцем, которого она спасла во время воздушного налёта. Время идёт, жизнь налаживается, Коити работает в команде по обезвреживанию мин в Токийском заливе, и однажды их хлипкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний…
Гениальный ученый Шурагами создал супер организм Биорант, используя для этого радиоактивные клетки Годзиллы, за которыми охотится международная мафия. А в это время извержение вулкана возродило спящего на дне Токийского залива Годзиллу к жизни. Жители Япония в панике — встреча двух монстров неизбежна и выживет только один из них. И на этот случай силы обороны приготовили своё новое оружие «Супер Икс-2», с помощью которого они готовы уничтожить уцелевшего монстра.
Расщепление урана в земных недрах вызвало неуправляемую цепную реакцию в теле Годзиллы, превращая его в ядерную бомбу замедленного действия, готовую взорваться в любую минуту. В это время в одной из лабораторий Токио ученые создают препарат, неверное применение которого приводит к созданию супермонстра Разрушителя, уничтожающего все на своём пути. Единственный шанс человечества на выживание — что в чудовищной схватке титанов не будет победителя.
Никто не мог представить, что среди людей спрятались злобные пришельцы, давно мечтающие завоевать Землю. Они возвели под видом детского развлекательного центра свою базу и послали на родную планету сигнал действия. И вот к Земле приближаются два огромных монстра. Один — уже известный человечеству Кинг Гидора, а второй — исполинский киборг Гайган. Чудовища приземляются и начинают разрушать города. Кто же, если не Годзилла и Ангирус с Острова Монстров, сможет остановить этот кошмар?